脊索动物门是
动物界最高等的门。动物背侧有一条脊索，分为三个
亚门，其中尾索动物亚门和头索动物亚门可以合称为“原索动物”。它们共同特征包括:在生活史中的某个阶段具有
脊索，中空的背神经管，
咽鳃裂以及肛后尾。
少数学者提出将
半索动物门也置于脊索动物门下，并命名为
口索动物亚门。
脊索动物门 Chordata 可以分为三个亚门:
尾索动物亚门,
头索动物亚门 和
脊椎动物亚门。尾索动物幼虫期具有脊索和神经索，但在成体消失。头索动物终生保留脊索和神经索，但没有
脊柱。在脊椎动物中, 脊索的作用由骨质脊柱代替。
通常说的
脊椎动物学是指研究脊索动物的一个
动物学分支，而非仅研究脊椎动物亚门。
现存的脊索动物之间的关系如下面的
系统发生树所示。它和传统的分类类群没有很好的吻合, 所以对脊椎动物的分类还存在争论，尽管它们间的关系已经搞得很清楚了。
-->