密宗来自印度，在印度称为Tantra，此怛特罗於印度是脱离宗教师徒秘密相传的，有别於佛教界的密宗，但是系统与根源或有关连。在印度，密宗一直是秘密流传，而且混入各宗教内以求自保。然而现今藏传佛教很多密宗行者，渡了不少人。
在
佛教界内的密宗也称
真言陀罗尼宗、
真言宗、
瑜伽宗、
金刚顶宗、
毗卢遮那宗、
开元宗、
秘密乘、
密乘，是
佛教的一个支派，源自
金刚乘。密宗最早传承自印度
龙树菩萨。
7世纪兴起于
东印度的
波罗王朝，於唐朝中期传入中国。公元
8世纪唐玄宗时代，印度高僧
善无畏、
金刚智、
不空来华，史称〝
开元三大士〞。三位密宗大师，在
大唐皇室的扶持之下，於
长安的
大兴善寺（位於今西安市）译出大量密教经典，宏扬密法，称为
唐密，主要的道场包括长安的大兴善寺、
青龙寺和扶风县的
法门寺。因唐朝中期中日交流的密切，唐密由日本弘法大师
空海传入
日本创立
真言宗，又因以
东寺为发源地，故称为
东密。另有
台密，为同期入唐留学僧
最澄大师所创。东密体系於空海大师已大体完备，台密体系是於最澄法子法孙继续赴唐留学而成。
七世纪初，西藏国王
松赞干布因国力强大，产生对文化的渴望，於是同时向中国与尼泊尔请求联姻与文化输入，中印两派文化的势力在西藏最後由印度胜出，佛教亦於此同时由中印个别传入西藏。八世纪中期，西藏境内苯教势力一度抬头，兴起反佛声浪。印度僧人回印之後请来密宗上师莲花生大师入藏以神通力摄服藏人，於是密宗就此传入西藏。连花生大师的传承後世人称
红教（宁玛派），其内涵与东密有别，後世人称为藏密。
十世纪初，藏人
马尔巴译师入印度求法，向印度密宗上师
那洛巴学得密法回藏，传给无数藏人，其中包括着名的
密勒日巴上师，後世对此一系的传承称为白教（噶举巴），西藏首位转世活佛
大宝法王即密勒日巴的徒孙。
密宗通称密教，以显自宗所诠教理，最为尊密，深妙奥秘，故以秘自称，对称於显教；密宗认为
法身佛大日如来所说的
金刚界、
胎藏界教法，方为佛自
内证境界，故不得对未灌顶行者，宣示其法。密宗有争议的地方是原有一种修行的方法叫「双身法」，就是
无上瑜伽坦特拉法。莲花生所传。