荷治时期

首先，荷人在台江西边的－鲲鯓沙洲建「热兰遮城」（今安平古堡），做为在台的统治中心。接着，又在城堡东方与台江东岸大井渡头（今民权路、永福路口）分别建「台湾街」（今延平街一带）及「普罗民遮街」（今延平街一带）。其中台湾街的历史最早，有「全台第一街」之称；而普罗民遮街则是台湾第一条有计划兴建的欧式街道，後来成为台南市街的重心。

荷兰人的经营虽然使台南成为当时中国东南海外的大城市，汉人渔商接踵而至。但因为荷兰人对移民百般苛徵、限制，终於引起汉人的不满，永历6年（1652年），在郭怀一领导下起义反抗。最後，事变虽被镇平，荷兰人亦在「普罗民遮城」（今赤嵌楼）巩固其政权，却依然无法平息汉人的忿怒。一直到郑成功入台前，全岛形势始终动荡不安。

明郑时期

1661年，明朝将领郑成功攻打台湾，打败荷兰人，取得台湾後，将台南赤崁地区改为「东都明京」并设立一府二县；府名为「承天府」，即今赤崁楼。郑成功死後，世子郑经即位，任陈永华为谋主，把东都明京改为「东宁」。在他的规划推动下兴建台湾第一座孔庙，设立学校，开启了文化的先声。兴水利，课农桑，安抚原住民等等，种种施政，使台湾逐渐成为汉人的乐土。

清领时期

1684年，清朝攻取台湾，在台南设台湾府，在首任巡抚刘铭传将省会迁往台北之前，台南一直是全台首府。享有一府二鹿三艋舺之名。

取台湾後，改明郑的承天府为台湾府，清康熙23年，清廷颁布渡台禁令，仅准漳泉地区做有限度的移民。至乾隆41年後，渡台禁令已形同虚文，於是大量移民由鹿耳门涌入府城，形成明郑後的移民潮。渐渐地，由於社会安定，人口持续增加，造就了民生富裕的条件。乾嘉年间，府城三大商业贸易组织「三郊」的兴起、壮大，为台南往後近百年的黄金时盛世揭开序幕。

然而好景不长，自清代後期起，昔日波光粼粼的台江海岸，因发生大风雨，大量河沙注入台江，千里汪洋尽成海埔。台湾地势改变海沈陆浮，港口消失，而这也是台南逐渐没落的主要关键。到了同治3年（1864年），安平海关建造完成，并正式开港，英商於安平设德记、和记洋行，隔年另开鸡笼、打狗两港，而有正、副港之称。

光绪元年（1875年），台湾增置台北府，使府城丧失了全台唯一政治中心的地位；光绪11年，台湾建省，省治设在台北，首任台湾巡抚刘铭传将建设的主力放在北部，又使台南府城逐渐失丧全台经济中心的地位。府城的光辉岁月至此逐渐步入尾声。

日治时期

日治时期台南州厅1895年日军进驻台南市区，并设置台南县，後改为台南厅。1920年台南厅与嘉义厅改制为台南州，台南州厅设立於州辖台南市。1900年11月29日台南＝高雄间铁路通车，设「台南停车场」，後改称「台南驿」（即今台南车站）。台南州厅、地方法院等公家机关相继成立。台南新运河开通。台南驿改建竣工。在日本人的建设下，古都台南逐渐有了现代化都市的雏形。

战後（中华民国）

1945年日本战败。中华民国国民政府接管台湾，改台南州为台南县，州辖台南市改制为省辖市，而脱离台南县辖区，1946年并入台南县安顺乡（改名为安南区），初期台南仍为全岛第二大城。但由於交通优势不再,加上两条高速公路不在台南市，工商业地位滑落，以民生轻工业为主，渐被台湾新兴都市高雄、台中超前，但仍稳居第四大城。

近年来因安南区设立台南科技工业园区，及近郊台南县新市乡设立南部科学园区等重大开发，经济重新复苏。目前人口稳定增加中，为台湾屈指人口社会增加城市之一。