定义

方法论的自然主义与形而上学的自然主义

形而上学自然主义又称“哲学自然主义”或“存在论自然主义”，运用存在主义的手法研究自然主义。存在论关注的是事物的存在性，所以这个观点通常视超自然为不存在，是为强无神论。

相形之下，方法论自然主义是“对科学方法之内的哲学自然主义的接纳和假设，无论是否完全接受或相信，……科学不是形而上学的，并且也不依赖任何形而上学的终极真理，虽然科学确实具备形而上学的涵意，但是方法论自然主义是取得科学成果所必须的策略和工作前提。我们因此必须对自然主义的终极真理持不可知态度，然而仍探索自然犹如自然是存在的全部。”

与超自然哲学的关系

自然主义的定义排除了对超自然的探索。Pennock认为， 超自然作用和能力“高于并超越自然的作用和能力”，“而且不受制于自然放法则”，对于超自然作用和能力没有逻辑限制，“如果我们能够用自然知识理解超自然力量，那么根据定义，这样的超自然力量就不是超自然的”。既然超自然对于我们是神秘的，就不可用科学模型来判断。“实验需要观察和控制可变因素……，但根据定义，我们不能控制超自然因素和能力。”允许科学借助不可测试的超自然力量，那么科学家的工作就太简单，也破坏了科学进步的法则，造成的影响犹如古希腊的剧作中，突然出现的天使引导陷入困境的英雄走出迷宫一样不可思议。

这类自然主义对超自然是否存在不置一词，因为根据定义，超自然超越于自然研究领域。其他科学哲学家接受部分超自然解释原则上可以测试的说法，但是根据过往的结果，其可能性甚微，因此不应在探索这类事物上浪费资源。无论如何，他们对超自然拒绝是出于实用的考虑，因此，一个人不可能同时成为方法自然主义者和存在超自然主义者。例如，一个自然科学家可以在其科学工作中遵循方法自然主义，他也可以信仰上帝（存在超自然主义），或者是无神论者中形上学自然主义者。这个立场不阻止从至今为止视为超自然的研究中获取知识，不过一旦现象可以被科学地检验和自然地解释，它就不再是超自然。

支持材料

科学方法的支持者将方法自然主义表达为“进行成功探索”的“有效且有力”的手段，http://www.freeinquiry.com/naturalism.htmlhttp://www.infidels.org/library/modern/nontheism/naturalism/index.html，而且是自然宇宙研究的本质http://chem.tufts.edu/AnswersInScience/MethodologicalNaturalism.htm。他们也把科学的历史看作是“从超自然主义到自然主义的进步过程” http://www.infidels.org/library/modern/mark_vuletic/ntse.html。该观点的支持者把创造论看成是对理解自然的无效和反作用理论 http://www.freeinquiry.com/naturalism.html。

这个课题在2005年的一场诉讼中得到了密切关注，美国联邦法院法官约翰·琼斯（John E. Jones III）在判决书上写道“方法自然主义是今日科学的基本规则”。这一判决影响了后续有关是否在美国公立学校教授宗教的诉讼，更广泛意义而言，这个判决书设立了不偏不倚的判断方法，以解决方法自然主义的科学证据与超自然解释之间的争端。

历史

哲学自然主义的观念和想法可以追溯到公元前4世纪的前苏格拉底时代的哲学家。在启蒙时期，包括培根和伏尔泰在内的哲学家，为把超自然从对自然界的探索中排除，提供了哲学思辩轮廓。后来的科学革命中，将科学研究中的神学包袱彻底清除，这个运动在现代生物学和地质学的发展过程中达到顶峰，拒绝任何来自广泛社会的宗教对科学的字面解释。

“方法自然主义”一词最近才出现。1983年，韦顿学院（Wheaton College）的哲学家Paul de Vries用“方法自然主义”来描述“对上帝不置一词的研究方法”，使之与“否认上帝存在”的“形而上学自然主义”区别开来。 Edgar Sheffield Brightman（Edgar Sheffield Brightman）最早于1937年在The Philosophical Revie'一文中使用过“方法自然主义”一词，使之成为与一般“自然主义”相对比，但是这个概念直到最近才发展出来。