现代发展

尽管林奈当时对生物进行分类只是爲了方便鉴别，现在人们已经广泛赞同分类应反映出达尔文关於共同祖先的原则。

随着1960年代支序分类（英文cladistics）或称分支学说（英文cladism）的出现，一个分类单元被定位在演化树的某个位置。如果一个分类单元包括且仅包括某一个共同祖先的所有後代，称其爲单系群（英文monophyly）；相对应的，若该单元包括其共同祖先，但未包括其所有後代，则称之爲并系群（英文paraphyly）；若该分类不包括其最近共同祖先，则称之爲复系群（英文polyphyly）。根据分支学说，一个自然分类应该是单系群而非并系或复系。

目前正在计划一种新的命名法，称做PhyloCode，用来处理演化支（英文clade）而非分类单元（拉丁文taxon，复数taxa）。现在仍不清楚，这种新的命名法能否和其它的命名法则并存。

比较新的分类法中，域或称总界是最高的单元。三域系统最初被创立於1990年，此後逐渐被学界承认。目前，大多数学家已经接受了此系统，但仍有一些学者遵循五界系统。三域系统的基本特徵是将原本在细菌界（或称原核生物界(Monera)）中的古细菌和真细菌独立成细菌域(Bacteria)和古菌域(Archaea)。还有一些学者将古细菌列爲第六个界但不接受三域系统。

早期分类系统

最早已知的对生命形式的分类系统由希腊哲学家亚里士多德所建立。他将动物根据运动方式（空中，陆上或水中）分类。1172年塞维利亚的法官伊本·路世德（ibn Rushd，即阿维罗伊Averroes）将亚里士多德的《论灵魂》（拉丁文de Anim'）翻译成阿拉伯文并删节。其原始注解已佚，但由斯考特（Michael Scot）翻译的拉丁文版本仍流传。

在中国，明代李时珍（约1518–1593）在药典《本草纲目》中，将生物药材分爲草部、谷部、菜部、果部、木部、虫部、鳞部、介部、禽部、兽部和人部。瑞士教授康拉德·冯·盖斯纳（Conrad von Gesner, 1516–1565）将当时已知的生物进行了分析性的归纳。

新大陆的发现爲欧洲带来了很多新奇的动物种类的描述和标本。在16世纪晚期和17世纪早期，人们开始对动物进行了详细描述，先是人们熟悉的种类，随後逐渐扩展，直到形成了基於解剖学基础的足够大的知识体系。这些解剖学知识主要来源於医学解剖学家，随後昆虫学家和最初的显微镜学者将分类的范围进一步扩大。

林奈氏分类法

卡尔·林奈（Carolus Linnaeus, 1707–1778）的巨着《自然系统》（拉丁文Systema Natura'）在其一生中被改编过12次（1735年第一版）。在此书中，自然界被划分爲三个界：矿物、植物和动物。林奈用了四个分类等级：纲、目、属和种。

林奈所建立了用於命名所有物种的学名的方法，并沿用至今。在林奈之前，命名一个物种需要很长的包括许多单词的名称，其中包括了对物种的描述，并且这些名称不固定。林奈将物种名称统一成两个字母的拉丁文名称，即学名，由此分开了命名法和分类法。这种生物命名的方法称作双名法，具体命名办法和书写规则参见双名法条目。

目前，命名法由命名法规（Nomenclature Codes）所管理。命名包括了不同等级的分类单元的名称。

尽管在汉语中，各物种及分类单元有对应的汉语名称，但在学术上爲了方便交流和避免一物多名或一名多物的问题发生，所有国家仍通用拉丁语的命名法，物种的学名也专指双名法的名称。拉丁语的好处在於，它基本已经是一种“死”的语言，不再用作口语，因此相对稳定。

举例

常用的五种生物（果蝇、人、豌豆、酿酒酵母和大肠杆菌）的名称和分类如下：

中文	英文	拉丁文 (单数, 复数)	果蝇	人	豌豆	酿酒酵母	大肠杆菌
域；总界	domain; superkingdom	真核域 Eukarya	真核域 Eukarya	真核域 Eukarya	真核域 Eukarya	细菌域 Bacteria
界	kingdom	regnum, regna	动物界 Animalia	动物界 Animalia	植物界 Plantae	真菌界 Fungi
门	division; phylum	divisio, divisiones; phylum, phyla	节肢动物门 Arthropoda	脊索动物门 Chordata	种子植物门 Spermatophyta	子囊菌门 Ascomycota	变形菌门 Proteobacteria
亚门	subdivision; subphylum	subdivisio, subdivisiones; subphylum, subphyla	六足亚门 Hexapoda	脊椎动物亚门 Vertebrata	被子植物亚门 Angiospermae
纲	class	classis, classes	昆虫纲 Insecta	哺乳纲 Mammalia	双子叶植物纲 Dicotyledoneae	酵母纲 Saccharomycetes	γ-变形菌纲 Gammaproteobacteria
亚纲	subclass	subclassis, subclasses	新翅亚纲 Neoptera	真兽亚纲 Eutheria	蔷薇亚纲 Rosidae
目	order	ordo, ordines	双翅目 Diptera	灵长目 Primates	豆目 Fabales	酵母目 Saccharomycetales	肠杆菌目 Enterobacteriales
亚目	suborder	subordo, subordines	短角亚目 Brachycera	简鼻亚目 Haplorrhini
科	family	familia, familiae	果蝇科 Drosophilidae	人科 Hominidae	豆科 Fabaceae	酵母科 Saccharomycetaceae	肠杆菌科 Enterobacteriaceae
亚科	subfamily	subfamilia, subfamiliae	果蝇亚科 Drosophilinae	人亚科 Homininae	蝶形花亚科 Faboideae
属	genus	genus, genera	果蝇属 Drosophil'	人属 Hom'	豌豆属 Pisu'	酵母属 Saccharomyce'	埃希氏菌属 Escherichi'
种	species	species, species	黑腹果蝇 D. melanogaste'	智人 H. sapien'	豌豆 P. sativu'	酿酒酵母 S. cerevisia'	大肠杆菌 E. col'

注：

• 表中很多分类尚有分歧，除细菌参照伯杰氏手册的分类大纲外，其余按照传统分类，未有统一标准，谨作参考。
• 植物学和微生物学家用系统方法对较高级的分类单元命名，即用拉丁文中模式属（英文type genus）属名的词干加上标准的词尾来命名这个单元（见下表）。例如，蔷薇科的“科长”（即模式属）是蔷薇属(Ros')，其词干爲“Ros-”，则蔷薇科的拉丁名即爲“Ros-”加上植物的科的後缀“-aceae”成爲“Rosaceae”。中文的大多数分类单元也是类似用法，但：
  1. 中文所用爲高级单元的取名的属可能和拉丁文不同，如牻牛儿苗科(Geraniaceae)的中文名来源於牻牛儿苗属(Erodiu')，但其拉丁名来源於老鹳草属(Geraniu')。
  2. 拉丁名变更後中文名不一定变更。如唇形科拉丁名原根据形态命名爲Labiatae，现根据标准改爲Lamiaceae，取名源自野芝麻属(Lamiu')，中文也不必将唇形科改译作“野芝麻科”。
• 动物学家通常只将类似命名法命名至科（包括总科）这一级，以上则多用描述法。
• 爲了更细致的分类，学者们在门、纲、目、科、属、种之外加了很多附属级别。最常用的是“亚-”(sub-)，在正常级别之下，如“亚纲”、“亚科”等等。在正常级别之上则爲“总-”(super-)，如“总目”。比“亚”更小的还有“下-”，或译作“次-”(infra-)。但下目仍然要比总科大。此外，对於植物，在科和属之间还有“族”(拉tribus, tribi，英tribe)，属之下还有“节”(拉sectio, sectiones，英section)，再往下还能有“系”(拉、英series, series)。比较完整的种之上的分类单元的次序爲（尽管目前大概没有能把这些等级都用全的分类系统）：

• 在种之下，动植物还能分成“亚种”(subspecies，简写subsp.)和“变种”(拉varietas, varietates，英variety，简写var.)，植物还能加上栽培种名。比如现代智人的学名爲Homo sapien' subsp. sapien'，或者也可以直接省掉亚种简写直接写成Homo sapiens sapien'。一种豌豆的变种的栽培种可写成Pisum sativu' var. macrocarpo' 'Snowbird'。对於细菌和古菌，在种之下则用“株”(英strain)，如一株可以引起食物中毒的大肠杆菌菌株Escherichia col' O157:H7。注意只有属之下的单位（包括亚种、变种）名用斜体，而属级之上的单位、级别缩写、栽培种名和菌株名用正体。
  • 注意：中文中任何分类单元均不使用斜体。

分类名称後缀

在属以上级别的分类单元的拉丁文名称通常由模式属的词干加上一个标准的後缀所构成。後缀的选择取决於分类单元传统上所在的大类别，如下表所示：

分类单元	植物	藻类	真菌	原核生物	动物
门	-phyta	-phyta	-mycota
亚门	-phytina	-phytina	-mycotina
纲	-opsida	-phyceae	-mycetes
亚纲	-idae	-phycidae	-mycetidae
总目	-anae
目	-ales
亚目	-ineae
下目	-aria
总科	-acea				-oidea
科	-aceae				-idae
亚科	-oideae				-inae
族	-eae				-ini
亚族	-inae				-ina

注意：

• 拉丁文的词干可能并不能从主格的词直接推断出来，比如Hom'（人属）的词根爲homin-，而非hom-，因此人科不是Homidae而是Hominidae。
• 对於动物，标准的词尾只上推到总目（《国际动物命名法规》(ICZN)中的27.2）。
• 对於原核生物，标准词尾上推到目（目前总目等级没有应用），词尾同植物、藻类、真菌。