出任总理

1999年8月9日，普京被委任为三位俄罗斯总理候补之一。在此之後，前一届总理领导的政府倒台，俄罗斯总统叶利钦指定普京出任总理。叶利钦同时宣布，他希望普京能够继承他的衣钵。普京也宣布，他接受叶尔钦的委任。8月16日，国家杜马以233票通过普京出任总理（84票反对，17票弃权）。由於他之前的四任总理在任时间均不长，公众并不对当时默默无闻的普京有所期待。普京的主要对手尤-(里)-·米哈伊洛维奇·卢日科夫等人当时已经开始了竞选活动，且他们努力打击普京，避免他成为叶利钦的继承人。然而，普京坚持法律与秩序的公众形象以及他对车臣事件的坚决态度最终使他成为了俄罗斯很受欢迎的总统候选人。

普京对车臣事件自始至终都持强硬态度。1999年，车臣分离主义分子入侵邻近的达吉斯坦共和国，普京马上下令予以还击。1999年12月31日，普京访问了车臣的俄罗斯官兵，这极大地提升了他的公众的形象。近年来，普京已刻意淡化了车臣事件的重要性。2003年，车臣新宪法规定车臣是俄罗斯的一部分，此事方才缓和。後来，车臣建立了选举制度与地方政府，车臣事件几乎已经顺利解决。

当时普京并没有与任何党派建立正式关系，但他支持的统一俄罗斯党在1999年国家杜马大选中赢得了23.32%的票数，在所有党派中位列第二名。至此，普京已成为2000年俄罗斯总统大选中胜算最高的候选人。

成为总统

1999年，普京被叶尔钦总统委任为俄罗斯总理。同年12月31日晚，叶尔钦突然宣布辞职，普京根据俄罗斯宪法规定出任代总统。因为此事，原定於2000年6月举行的俄罗斯总统大选提前到3月26日。大选的提前使反对党派无法充分做好准备，而普京实际掌权也削弱了反对党派的力量，因此在随後的大选上，普京获胜并出任总统。

2000年10月，普京通过了俄罗斯国歌修改法案，将国歌曲调修改为1991年前苏联国歌的曲调，但配上了不同的歌词。

2001年2月12日，普京签署了一项法案，规定国家保护前总统与他们的家庭。这主要是因为1999年俄前总统叶尔钦与他的家人被怀疑参与洗钱等腐败行为。

2004年3月14日，普京成功连任总统，并得到71%的绝对多数票。在他的第二届总统任期中，西方人士广泛抨击他对新闻自由的打压。与此同时，2005年一项调查显示，82%的俄罗斯人同意新闻审查。对这一调查，社会学家们认为俄罗斯人所同意的是对伦理方面有争议的内容进行限制，而非对政治内容的限制。

2004年9月13日，在贝司兰人质事件後，普京建议成立一个公开立法机构，且用这一形式取代了原本俄罗斯直接指定地方官员的制度。普京亦加大了对恐怖主义的打击力度，尤其是加重了对政府官员包庇恐怖分子的惩罚。普京说，俄罗斯有权力「从恐怖分子的藏身所中逮捕并消灭他们，且若有必要，可以在国外逮捕。」

主要由普京支持的统一俄罗斯党在普京任期内亦多次表达对普京及其思想的认同。2006年12月，统一俄罗斯党第七次代表大会通过纲领我们选择的俄罗斯，归纳并声明了普京思想为该党的指导思想。这一声明中的主要战略均与普京的政策一致，且与普京的「国情咨文」内容基本思想相同。

由於目前俄罗斯宪法对总统任期的限制，普京无法继续参与2008年的总统大选。2007年，普京在接受八国集团记者采访时认为，「5到7年的总统任期是完全可以接受的」，暗示其可能通过修改宪法延长总统任期。前俄罗斯总统叶尔钦一直反对普京修宪，在2007年国家杜马选举上大胜的统一俄罗斯党主席也发表意见说，普京不会修改宪法。

然而，宪法并没有限制一人当选总统的次数，因此普京可能会在2012年继续角逐俄总统位置。普京亦可在大选前宣布辞职，然後参与竞选。一些媒体还认为，普京可能选择指定接班人後离开，并在幕後操纵俄政治局势，然而，2007年2月1日，普京公开否认这一可能。他说：「我不会指定继承人。俄罗斯联邦的总统将会通过大选公正生成。」此外还有人认为，普京可能选择加入统一俄罗斯党并出任党魁，这样他就会在国家杜马中占据高位，进而掌握实权。

2007年12月，统一俄罗斯党等党派推举迪米特-(里)-·梅德维杰夫为下任俄罗斯总统，普京表示同意。这样，普京修宪并继续出任总统的机率就变得很小了。

外交政策

在外交方面，普京试图恢复俄罗斯在苏联时代超级大国的地位，并取得了一定成功。例如，2007年慕尼黑会议上，普京指责美国在国际事务上的专横，并声称美国在国际事务上「毫不遮掩地使用强权」。此外普京还说：「没有人会感到安全。没有人会认为国际法是一堵能保护他们的墙。美国的政策正在激发世界范围内的军备竞赛。」

普京指出，理想的世界秩序应是「一个公正、民主的世界秩序，它能保证所有人的安全与财富，而非独少数人的。」他在铀开发控制和防止太空军备中起到了重要的作用。2007年1月，普京在采访中说，俄罗斯主张民主与多极化的世界秩序，且支持巩固国际法系统。关系

与此同时，普京领导下的俄罗斯也在和欧盟、美国等西方国家缔结战略关系。因此，俄罗斯已成为八国集团的成员，且於2006年出任主席国（2007年交由德国担任）。普京也关注亚洲事务，尤其关注中国与印度的动向。

一些西方政治家长期指责普京的极权主义倾向。尽管普京与美国总统小布希、英国前首相-(zh:布莱尔;zh-hant:布莱尔;zh-hk:贝理雅;zh-hans:布莱尔;)-、德国前总理施罗德等人保持友好关系，但新任德国总理默克尔与普京的关系并不理想。2005年，普京与德国总理格哈特·施罗德对俄罗斯与德国之间的一条天然气管线的建筑事宜进行了磋商，同年，施罗德参加了普京在圣彼得堡举办的53岁生日宴会。然而，俄罗斯与英国的关系却不容乐观：2006年底，逃亡英国的前俄特工利特维年科中毒身亡一事，极大地恶化了俄英关系。此外，普京也多次试图与独联体国家建立良好的外交关系。普京与欧盟、北约等西方组织都把拉近与中、东欧各国（尤其是波罗的海各国）的关系作为了重要战略。

在2004年乌克兰总统大选前，普京两次访问乌克兰以表示他对乌总理维克多·费奥多罗维奇·亚努科维奇的支持。在选举结果揭晓前，普京还特地为亚努科维奇「几乎可以确信的胜利」致贺信。普京对於倾向俄罗斯的亚努科维奇的支持被广泛批评为干涉乌克兰内政。此外，同属前苏联的格鲁吉亚与摩尔多瓦还批评了俄政府对两国分离主义分子的支持。俄罗斯与波罗的海诸国的外交关系亦处於紧张的状态中，而爱沙尼亚对俄的批评也使两国外交关系进一步僵化。值得注意的是，普京的父亲曾在二战一次爆破任务中险些於爱沙尼亚被杀害，有学者认为这是普京对爱沙尼亚态度冷淡的一个原因。

对外军事政策

2001年，当九一一事件发生时，普京同意在中亚成立合作军事基地。这一决定不仅使俄罗斯民族主义人士感到吃惊，亦使俄国国防部长感到惊讶。2003年，普京反对美国在未取得联合国安理会授权的情况下入侵伊拉克之举。战後，美国总统布希要求取消对伊拉克的制裁，普京支持取消制裁，并认为联合国应该先完成对伊拉克大规模杀伤性武器的调查。

慕尼黑讲话评论家认为，这是将美国与纳粹德国相比较。在第33届八国峰会前夕，一位波兰政治家的妻子、美国记者安妮·爱普巴姆写道：「不管是威胁与爱沙尼亚打信息战、威胁断绝立陶宛的资源供给，还是禁运格鲁吉亚酒和波兰肉资源，这一切都有力地证明了，他（普京）近年来准备将俄罗斯的影响力扩大到前苏联诸加盟国──而完全不顾这些国家自己的感受。与此同时，一个事实也越来越清楚：与其将西方国家视作贸易与政治的伙伴，他更倾向於以冷战的老思维将它们视之为眼中钉、肉中刺。」

普京从始至终一直反对美国在欧洲建立导弹防御系统的计划。为警示美国总统小布希，普京於2007年6月7日与捷克共和国签署协议，允许捷克使用阿塞拜疆的苏联雷达，以免去另行修缮的费用。普京亦声称已准备好重修1985年的前苏联导弹预警系统。尽管各国预计俄罗斯会在波兰建立拦截系统，普京却指出在必要情况下会寻求北约成员国土耳其与伊拉克的援助。此外，普京还声称，俄罗斯会接受其他欧洲国家的参与请求。