早在
前2世纪后半期，在印尼出现了最早的
奴隶制国家
叶调。公元三至七世纪，出现了
古泰、
达鲁马、
耶婆提、
干陀利、
马打兰王国、
夏连特拉王国等分散的小王国。
七至十一世纪，大国
室利佛逝（宋代以后称“三佛齐”）崛起，同中国极为友好，使者商旅不绝于途。
7世纪到
14世纪之间，
佛教是现另一方面，
13世纪末
14世纪初，在
爪哇建立了印尼历史上最强大的
满者伯夷。
随后，
阿拉伯人带来了
伊斯兰教，逐渐成为今日印度尼西亚的主要宗教。当时，印尼境内分布着很多小王国和部落。云南大学国际关系学院院长肖宪博士认为，郑和下西洋极大地推动了伊斯兰教在东南亚海岛地区的发展和传播。
郑和下西洋途中进行的一些活动，例如，郑和第一次航行时在苏门答腊南部的旧港（巨港）建立了华人穆斯林社区，郑和在爪哇鼓励当地华人穆斯林与当地人通婚等，都促进了伊斯兰教在当地的传播并为其在东南亚地区更大范围的传播打下了基础。此外，郑和在马六甲的外交活动，还促成了马六甲第一位君主拜里迷苏剌在１４１１年亲率使团访问中国之後改信伊斯兰教。而强大的马六甲穆斯林王国兴起後，加速了伊斯兰教在整个东南亚的传播。
到了
16世纪，
欧洲人抵达现印尼，发现了这些小国。一些欧洲强国开始建立
殖民地，
荷兰变成了这些欧洲国家里面占领最多领土的国家。荷兰最初通过
荷兰东印度公司对这些地区实行殖民统治。1799年东印度公司解散后殖民地被荷兰政府接管，史称
荷属东印度。
第一次世界大战完结之後，当地人开始争取自治。到了第二次世界大战，当荷兰本土被德国完全占领後，东印度公司宣布终止与当时最大贸易伙伴日本的贸易，触发日本对印尼的侵略行动。这可以说是印尼得以独立的远因。日本投降的消息传到印尼之後，苏加诺立即在之後一日发表印尼独立宣言。之後在短短五日间，印尼全国都宣告脱离荷兰东印度公司的管治，在 1945年8月31日，荷兰东印度公司在印尼基本上已没有控制国家的能力了。然後，由於得到澳洲的同情，在1945年到1949年这段期间内不断接济印尼，最终使东印度公司在1949年宣布放弃对印尼的管治权，使印尼得以正式独立，
苏加诺被任为印尼第一任总统。
1965年9月30日印尼发生了
“九·三○”事件，全国掀起大规模反华浪潮。
1967年2月，
苏加诺被解除总统头衔，
苏哈托出任代理总统，反华浪潮更加凶猛。
1969年，苏卡诺垮台，军队司令
苏哈托任总统一职。在其近三十年的独裁统治中，苏哈托家族积累了大量财富，直到
1998年大规模的政治示威迫使苏哈托放弃政权。1998年发生大规模骚乱
排华运动，大量华侨、华人被残忍的杀害。
雅加达人权与妇女研究组织经整理后的报告显示，5月发生的骚乱中，印尼各地总共发生5000多起暴徒
强奸或
轮奸华裔妇女的惨案，其中以雅加达每天发生的100多起最为严重。