第二幕
接下来的日子里，魅影突然如同消失一般不见踪影，六个月后，剧院举行了一场
化妆舞会，穿着奇装异服的人们打扮成魅影的样子唱起了剧中华丽的一首合唱“
Masquerades”，庆祝和嘲笑不攻自破的对手。克莉丝汀与-(zh-hans:罗尔;zh-hant:劳尔)-也在人群中，他们此时已偷偷的订婚，但因为恐惧，克莉丝汀不敢将订婚戒指带在手上。众人正在狂欢的最高潮，化妆成死神的魅影突然出现，他扯下了克莉丝汀的订婚戒指，将一封新手稿《
唐璜的胜利》（Don Juan Triumphant）掷给剧院经理要求克莉丝汀继续为自己歌唱。这次经理再也不敢违抗，而罗尔觉得可以利用这个机会，因为那天演出时魅影肯定会再次到场，也将是和魅影做了结的最好机会，克莉丝汀感到为难。
魅影的真实身份是一个虽有天赋却因丑陋外表受人歧视，最后不得不躲进迷宫，也心理极度扭曲的可怜人，但他长期居住在不为人知的世界中，对歌剧院和地下迷宫的结构了如指掌。为了避开他的控制，克莉丝汀被罗尔藏在别处，但是她被自己的压抑而苦恼，最后偷偷前去自己父亲坟墓前祈祷寻求解脱。在墓碑前，她祝愿可怜的魅影也能得到幸福，她祈祷父亲能指引自己。这时魅影伪装成父亲的声音，用一曲具魅惑力的“
Wandering Child”开始引诱她，克莉丝汀仿佛被父亲的影子所吸引，开始情不自禁地走向魅影，幸好这时-(zh-hans:罗尔;zh-hant:劳尔)-及时赶到，两人言语的正面交锋中，魅影不敌-(zh-hans:罗尔;zh-hant:劳尔)-的劝阻，克莉丝汀被带走，恼羞成怒的魅影恶毒咒骂说大家今日已成水火，要其一同为愚蠢而陪葬。
上演当晚，一切安排就绪，警察将大门一一锁上，枪手们瞄准了第五包厢，每一个人都屏住了呼吸，但是魅影迟迟没有显身。而在舞台上，他其实已经神不知鬼不觉地代替了原来的男主角Piangi，出演带着面具伪装成好友去戏弄对方妻子的唐璜。只有克莉丝汀敏感地察觉到与自己合演的正是魅影本人，两人假戏真唱，一曲“
The Point of No Return”将剑拔弩张的气氛达到高潮，在两人的较量中，再一次仿佛被感动的魅影似乎失去了置克莉丝汀于死地的敌意。在魅影悲壮的歌声中，克莉丝汀鼓起了勇气，在众目睽睽之下将他的面具脱下。观众一片尖叫，警察试图冲上舞台，但一切都仿佛在魅影的操纵中，一片混乱中拉着克莉丝汀消失在地下，只有-(zh-hans:罗尔;zh-hant:劳尔)-在知道魅影真相的吉瑞-(zh-hans:太太;zh-hant:夫人)-的指引下找到了进入迷宫的道路，紧追两人不舍。
迷宫深处，魅影捧着婚纱，痛恨地说是自己这扭曲的脸毒害了爱情，再一次对克莉丝汀提出，要她接受自己炙烈的爱意，-(zh-hans:罗尔;zh-hant:劳尔)-赶到，却被魅影用机关抓住，并乘机以此威胁克莉丝汀。但克莉丝汀却在危急下被爱情激发出了勇气，她慢慢抬起头，流着眼泪，走到魅影的面前，告诉他自己已经不再害怕那张丑陋的脸，因为他的心比任何人都脆弱而值得同情。在华丽的音乐中，克莉丝汀亲吻了魅影的嘴唇，魅影也终于被这伟大爱情所感动和崩溃，他释放了-(zh-hans:罗尔;zh-hant:劳尔)-，要求-(zh-hans:罗尔;zh-hant:劳尔)-带着克莉丝汀立刻离开，把一切全都忘记。然后他面对心爱的八音盒，独自吟唱起象征告别、毁灭、和新生的咏叹调，也是最后的“
All I Ask of You”，众人终于来到了这里，却已人去楼空，只在空荡荡的大厅里发现了一个面具……
上半场
- 序曲(Overture)
- 想想我(Think of Me)
- 音乐天使(Angel of Music)
- 小洛蒂(Little Lotte)
- 镜子/音乐天使(Angel of Music (The Mirror))
- 歌剧魅影(The Phantom of the Opera)
- 夜的乐章(Music of the Night)
- 我还记得……/比你的梦还怪(I Remember.../Stranger Than You Dreamt It)
- 魔索/邦加套索(Magical Lasso)
- 纸条/歌剧女伶(Notes.../Prima Donna)
- 笨蛋，他害我想笑(剧中剧“哑巴”的曲目)(Poor Fool, He Makes Me Laugh (Il Muto))
- 为何要带我来这?/罗尔，我到过那里(Why Have You Brought Me Here?/Raoul, I've Been There)
- 我对你唯一的的冀求(All I Ask Of You (song)|All I Ask of You)
- 我对你唯一的的冀求(魅影版)(All I Ask of You (Reprise))
下半场
- 穿场曲(Entr'acte)
- 化妆舞会/为何如此惊讶?(Masquerade/Why So Silent...?)
- 纸条/怎麽都不对劲?(Notes.../Twisted Every Way)
- 希望你能回到我身边(Wishing You Were Somehow Here Again)
- 迷惘的孩子(Wandering Child)
- 胜利的唐璜(Don Juan (Song)|Don Juan)
- 没有回程的起点(The Point of No Return)
- 再下一层/缉捕凶手(Down Once More.../Track Down This Murderer/Finale)
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