-(脱)-氧核糖核酸(,缩写为
DNA)又称
-(去)-氧核糖核酸,是一种
分子,可组成
遗传指令,以引导
生物发育与
生命机能运作。主要功能是长期性的资讯储存,可比喻为「蓝图」或「食谱」。其中所包含的指令,是建构
细胞中其他的化合物,如
蛋白质与
RNA所需。带有遗传讯息的DNA片段称为
基因,其他的DNA序列,有些直接以自身构造发挥作用,有些则参与调控遗传讯息的表现。
DNA是一种长链
聚合物,组成单位称为
核苷酸。长链骨架是由
糖类与
磷酸分子组成,两者之间以
酯键相连。每个糖分子都与四种
硷基里的其中一种相接,这些硷基沿着DNA长链所排列而成的序列,可组成
遗传密码,是蛋白质
氨基酸序列合成的依据。读取密码的过程称为
转录,是根据DNA序列复制出一段称为RNA的核酸分子。多数RNA带有合成蛋白质的讯息,另有一些本身就拥有特殊功能,例如构成
核糖体的
rRNA、进行
基因剪接作用的
snRNA,或是参与
RNA干扰的
siRNA。
在细胞内,DNA能组织成一种称为
染色体的结构,而细胞中的整组染色体则统称为
基因组。染色体在
细胞分裂之前会先行复制,此过程称为
DNA复制。对
真核生物,如
动物、
植物及
真菌而言,染色体是存放於
细胞核内;对於
原核生物而言,如
细菌,则是存放在
细胞质中的
类核里。染色体上的
染色质蛋白,如
组织蛋白,能够将DNA组织并压缩,以帮助DNA与其他蛋白质进行交互作用,进而调节基因的转录。
物理与化学性质
DNA是一种由
核苷酸重复排列组成的长链
聚合物,宽度约22到24
埃(2.2到2.4
奈米),每一个核苷酸单位则大约长3.3埃(0.33奈米)。在整个DNA聚合物中,可能含有数百万个相连的核苷酸。例如人类细胞中最大的
1号染色体中,就有2亿2千万个硷基对。通常在生物体内,DNA并非单一分子,而是形成两条互相配对并紧密结合,且如蔓藤般地缠绕成
双螺旋结构的分子。每个核苷酸分子的其中一部分会相互连结,组成长链骨架;另一部分称为
硷基,可使成对的两条DNA相互结合。所谓
核苷酸,是指一个
核苷加上一个或多个磷酸基团,核苷则是指一个硷基加上一个糖类分子。
DNA骨架是由
磷酸与
糖类基团交互排列而成。组成DNA的糖类分子为环状的2-脱氧核糖,属於
五碳糖的一种。磷酸基团上的两个
氧原子分别接在五碳糖的3号及5号
碳原子上,形成
磷酸双酯键。这种两侧不对称的
共价键位置,使每一条DNA长链皆具方向性。双螺旋中的两股核苷酸互以相反方向排列,这种排列方式称为反平行。DNA链上互不对称的两末端一边叫做
5'端,另一边则称
3'端。DNA与RNA最主要的差异之一,在於组成糖分子的不同,DNA为2-脱氧核糖,RNA则为
核糖。在某些特定RNA分子的合成过程中,会有许多尿嘧啶在酵素的作用下失去一个甲基,因而转变成胸腺嘧啶,这种情形大多出现於一些在构造上具有功能,或者具有酵素能力的RNA上,例如
转运RNA与
核糖体RNA。
两股DNA长链会以右旋方式相互缠绕成双螺旋结构,由於以磷酸联结而成的骨架位於外部,且两股之间会留下一些空隙,因此位於螺旋内部的硷基,即使从螺旋外侧依然可见(如右方动画)。双螺旋的表面有两种凹槽(或称“沟”):较大的宽22
埃;较小的宽12埃。由於各个硷基靠近大凹槽的一面较容易与外界接触,因此如
转录因子等能够与特定序列结合的蛋白质与硷基接触时,通常是作用在靠近大凹槽的一面。
上图可见GC硷基对由三个
氢键相连;下图可见AT硷基对是由两个氢键相连。图中的氢键皆以虚线表示。
硷基配对
一股DNA上所具有的各类型硷基,都只会与另一股上的一个特定类型硷基产生键结。此种情形称为互补性
硷基配对。嘌呤与嘧啶之间会形成
氢键,在一般情况下,A只与T相连,而C只与G相连。因此排列於双螺旋上的核苷酸,便以这种称为硷基对的方式相互联结。除此之外,与DNA序列无关的
疏水性效应,以及
π重叠效应所产生的
力,也是两股DNA能维持结合状态的原因。由於氢键比
共价键更容易断裂,这使双股DNA可能会因为机械力或高
温作用,而有如拉链一般地解开,这种现象被称为
DNA变性。由於互补的特性,使位於双股序列上的讯息,皆以双倍的形式存在,这种特性对於DNA复制过程来说相当重要。互补硷基之间可逆且具专一性的交互作用,是生物DNA所共同拥有的关键功能。双螺旋上有某些部位必须能够轻易解开,这些部位通常含有有较多的AT配对,例如细菌
启动子上一段含有TATAAT序列的
普里布诺盒。在实验室中,若找出解开氢键所需的温度,也就是所谓
熔点(
Tm'),便能计算出两股之间的结合强度。当DNA双螺旋上所有的硷基配对都解开之後,溶液中的两股DNA将分裂成独立的分子。单股DNA分子并无固定的形体,但仍有某些形状较为稳定且常见。
正意与反意
一般来说,当一段DNA序列为合成
信使RNA(mRNA,可转译成蛋白质)所需时,称为「正意」。而相对并互补的另一股序列,则称为「反意」。由於
RNA聚合酶的作用方式,是根据模板上的讯息来合成一段与模板互补的RNA片段,因此正意mRNA的序列实际上与DNA上的反意股相同。在同一股DNA上,可能同时会有属於正意和反意的片段。此外,反意RNA在原核生物或真核生物体内皆存在,但是其功能尚未明了。有研究认为,反意RNA可利用RNA与RNA之间的硷基配对,来调控
基因的表现。
少数属於原核生物、真核生物、
质体或
病毒的DNA序列(後两者较前两者多),会由於正意股与反意股之间的差异难以区分,而产生重叠基因,这类DNA序列具有双重功能,一方面能以5'往3'的方向合成蛋白质,另一方面也能以相反方向合成另一个蛋白质。这种重叠现象一方面在
细菌体内参与调控基因的转录,一方面则在较小的病毒基因组中,扮演增加讯息量的角色。为了缩减基因组的大小,也有某些病毒以线状或环状的单股DNA作为遗传物质。
超螺旋
DNA链在双螺旋基础上如绳索般扭转的现象与过程称为
DNA超螺旋。当DNA处於「松弛」状态时,双螺旋的两股通常会延-(zh-hans:着;zh-hant:着)-中轴,以每10.4个硷基对旋转一圈的方式扭转。但如果DNA受到扭转,其两股的缠绕方式将变得更紧或更松。当DNA扭转方向与双股螺旋的旋转方向相同时,称为正超螺旋,此时硷基将更加紧密地结合。反之若扭转方向与双股螺旋相反,则称为负超螺旋,硷基之间的结合度会降低。自然界中大多数的DNA,会因为
拓扑异构酶的作用,而形成轻微的负超螺旋状态。拓扑异构酶同时也在
转录作用或
DNA复制过程中,负责纾解DNA链所受的扭转压力。
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