-(脱)-氧核糖核酸(,缩写为DNA)又称-(去)-氧核糖核酸,是一种分子,可组成遗传指令,以引导生物发育生命机能运作。主要功能是长期性的资讯储存,可比喻为「蓝图」或「食谱」。其中所包含的指令,是建构细胞中其他的化合物,如蛋白质RNA所需。带有遗传讯息的DNA片段称为基因,其他的DNA序列,有些直接以自身构造发挥作用,有些则参与调控遗传讯息的表现。

DNA是一种长链聚合物,组成单位称为核苷酸。长链骨架是由糖类磷酸分子组成,两者之间以键相连。每个糖分子都与四种硷基里的其中一种相接,这些硷基沿着DNA长链所排列而成的序列,可组成遗传密码,是蛋白质氨基酸序列合成的依据。读取密码的过程称为转录,是根据DNA序列复制出一段称为RNA的核酸分子。多数RNA带有合成蛋白质的讯息,另有一些本身就拥有特殊功能,例如构成核糖体rRNA、进行基因剪接作用snRNA,或是参与RNA干扰siRNA

在细胞内,DNA能组织成一种称为染色体的结构,而细胞中的整组染色体则统称为基因组。染色体在细胞分裂之前会先行复制,此过程称为DNA复制。对真核生物,如动物植物真菌而言,染色体是存放於细胞核内;对於原核生物而言,如细菌,则是存放在细胞质中的类核里。染色体上的染色质蛋白,如组织蛋白,能够将DNA组织并压缩,以帮助DNA与其他蛋白质进行交互作用,进而调节基因的转录。

历史

参见:分子生物学史

最早分离出DNA的弗雷德里希·米歇尔是一名瑞士医生,他在1869年,从废弃的外科绷带里所残留的脓液中,发现了一些只有在显微镜下可见的物质。由於这些物质位於细胞核中,因此米歇尔称之为「核素」(nuclein)。到了1919年,菲巴斯·利文在进一步的研究当中,辨识出组成DNA的硷基、糖类以及磷酸核苷酸单元,并提出DNA可能是许多核苷酸经由磷酸基团的联结,而串联在一起。不过他所提出的链状构造较为短小,且其中的硷基是以固定顺序重复排列。1937年,威廉·阿斯特伯里完成了第一张X光绕射图,此图显示DNA的结构具有规律性。

1928年,弗雷德里克·格里菲斯格里菲斯实验中发现,平滑性状的肺炎球菌,能转变成为粗糙性状的同种细菌,方法是将已杀死的平滑型与粗糙型活体混合在一起。这种现象称为「转型」。但造成此现象的因子,也就是DNA,是直到1943年,才由奥斯瓦尔德·埃弗里等人所辨识出来。DNA在遗传上的功能,是在1953年由阿弗雷德·赫希玛莎·蔡斯所确认,他们在赫希-蔡斯实验中发现,DNA是T2噬菌体遗传物质

到了1953年,当时在卡文迪许实验室詹姆斯·沃森佛朗西斯·克里克,依据伦敦国王学院罗莎琳·富兰克林所拍摄的X光绕射图,以及相关资料,提出了。其中包括富兰克林与雷蒙·葛斯林的论文,此文所附带的X光绕射图,是沃森与克-(里)-克阐明DNA结构的关键。此外莫里斯·威尔金斯团队也是同期论文的发表者之一。富兰克林与葛斯林随後又提出了A型与B型DNA双螺旋结构之间的差异。1962年,沃森、克-(里)-克以及威尔金斯共同获得了诺贝尔生理学或医学奖

克-(里)-克在1957年的一场演说中,提出了分子生物学的中心法则,预测了DNA、RNA以及蛋白质之间的关系,并阐述了「转接子假说」(即後来的tRNA)。1958年,马修·梅瑟生富兰克林·史达梅瑟生-史达实验中,确认了DNA的复制机制。後来克-(里)-克团队的研究显示,遗传密码是由三个硷基以不重复的方式所组成,称为密码子。这些密码子所构成的遗传密码,最後是由哈尔·葛宾·科拉纳罗伯特·W·霍利以及马歇尔·沃伦·尼伦伯格解出。为了测出所有人类的DNA序列,人类基因组计画於1990年代展开。到了2001年,多国合作的国际团队与私人企业塞雷拉基因组公司,分别将人类基因组序列草图发表於《自然》与《科学》两份期刊。

物理与化学性质

DNA是一种由核苷酸重复排列组成的长链聚合物,宽度约22到24(2.2到2.4奈米),每一个核苷酸单位则大约长3.3埃(0.33奈米)。在整个DNA聚合物中,可能含有数百万个相连的核苷酸。例如人类细胞中最大的1号染色体中,就有2亿2千万个硷基对。通常在生物体内,DNA并非单一分子,而是形成两条互相配对并紧密结合,且如蔓藤般地缠绕成双螺旋结构的分子。每个核苷酸分子的其中一部分会相互连结,组成长链骨架;另一部分称为硷基,可使成对的两条DNA相互结合。所谓核苷酸,是指一个核苷加上一个或多个磷酸基团,核苷则是指一个硷基加上一个糖类分子。

DNA骨架是由磷酸糖类基团交互排列而成。组成DNA的糖类分子为环状的2-脱氧核糖,属於五碳糖的一种。磷酸基团上的两个原子分别接在五碳糖的3号及5号碳原子上,形成磷酸双酯键。这种两侧不对称的共价键位置,使每一条DNA长链皆具方向性。双螺旋中的两股核苷酸互以相反方向排列,这种排列方式称为反平行。DNA链上互不对称的两末端一边叫做5'端,另一边则称3'端。DNA与RNA最主要的差异之一,在於组成糖分子的不同,DNA为2-脱氧核糖,RNA则为核糖。在某些特定RNA分子的合成过程中,会有许多尿嘧啶在酵素的作用下失去一个甲基,因而转变成胸腺嘧啶,这种情形大多出现於一些在构造上具有功能,或者具有酵素能力的RNA上,例如转运RNA核糖体RNA

两股DNA长链会以右旋方式相互缠绕成双螺旋结构,由於以磷酸联结而成的骨架位於外部,且两股之间会留下一些空隙,因此位於螺旋内部的硷基,即使从螺旋外侧依然可见(如右方动画)。双螺旋的表面有两种凹槽(或称“沟”):较大的宽22;较小的宽12埃。由於各个硷基靠近大凹槽的一面较容易与外界接触,因此如转录因子等能够与特定序列结合的蛋白质与硷基接触时,通常是作用在靠近大凹槽的一面。

上图可见GC硷基对由三个氢键相连;下图可见AT硷基对是由两个氢键相连。图中的氢键皆以虚线表示。

硷基配对

参见:硷基对

一股DNA上所具有的各类型硷基,都只会与另一股上的一个特定类型硷基产生键结。此种情形称为互补性硷基配对。嘌呤与嘧啶之间会形成氢键,在一般情况下,A只与T相连,而C只与G相连。因此排列於双螺旋上的核苷酸,便以这种称为硷基对的方式相互联结。除此之外,与DNA序列无关的疏水性效应,以及π重叠效应所产生的,也是两股DNA能维持结合状态的原因。由於氢键比共价键更容易断裂,这使双股DNA可能会因为机械力或高作用,而有如拉链一般地解开,这种现象被称为DNA变性。由於互补的特性,使位於双股序列上的讯息,皆以双倍的形式存在,这种特性对於DNA复制过程来说相当重要。互补硷基之间可逆且具专一性的交互作用,是生物DNA所共同拥有的关键功能。双螺旋上有某些部位必须能够轻易解开,这些部位通常含有有较多的AT配对,例如细菌启动子上一段含有TATAAT序列的普里布诺盒。在实验室中,若找出解开氢键所需的温度,也就是所谓熔点Tm'),便能计算出两股之间的结合强度。当DNA双螺旋上所有的硷基配对都解开之後,溶液中的两股DNA将分裂成独立的分子。单股DNA分子并无固定的形体,但仍有某些形状较为稳定且常见。

正意与反意


一般来说,当一段DNA序列为合成信使RNA(mRNA,可转译成蛋白质)所需时,称为「正意」。而相对并互补的另一股序列,则称为「反意」。由於RNA聚合酶的作用方式,是根据模板上的讯息来合成一段与模板互补的RNA片段,因此正意mRNA的序列实际上与DNA上的反意股相同。在同一股DNA上,可能同时会有属於正意和反意的片段。此外,反意RNA在原核生物或真核生物体内皆存在,但是其功能尚未明了。有研究认为,反意RNA可利用RNA与RNA之间的硷基配对,来调控基因的表现

少数属於原核生物、真核生物、质体病毒的DNA序列(後两者较前两者多),会由於正意股与反意股之间的差异难以区分,而产生重叠基因,这类DNA序列具有双重功能,一方面能以5'往3'的方向合成蛋白质,另一方面也能以相反方向合成另一个蛋白质。这种重叠现象一方面在细菌体内参与调控基因的转录,一方面则在较小的病毒基因组中,扮演增加讯息量的角色。为了缩减基因组的大小,也有某些病毒以线状或环状的单股DNA作为遗传物质。

超螺旋

参见:DNA超螺旋

DNA链在双螺旋基础上如绳索般扭转的现象与过程称为DNA超螺旋。当DNA处於「松弛」状态时,双螺旋的两股通常会延-(zh-hans:着;zh-hant:着)-中轴,以每10.4个硷基对旋转一圈的方式扭转。但如果DNA受到扭转,其两股的缠绕方式将变得更紧或更松。当DNA扭转方向与双股螺旋的旋转方向相同时,称为正超螺旋,此时硷基将更加紧密地结合。反之若扭转方向与双股螺旋相反,则称为负超螺旋,硷基之间的结合度会降低。自然界中大多数的DNA,会因为拓扑异构酶的作用,而形成轻微的负超螺旋状态。拓扑异构酶同时也在转录作用或DNA复制过程中,负责纾解DNA链所受的扭转压力。
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