神圣罗马帝国时期

罗马教会和法兰克人的合作在800年达到了顶峰。在此之前，像东方的君士坦丁堡教会一样，罗马教皇和罗马教会的地位（至少在名义上）是从属于罗马帝国的唯一继承人，即东罗马皇帝的。教皇和君士坦丁堡大主教被认为是上帝在人间的宗教事务代表，而罗马（东罗马）皇帝是上帝在人间的世俗事务代表。基督教会和人民都认为，世界上只有一个皇帝，即罗马皇帝。797年君士坦丁六世被废，以及其母亲伊琳娜皇太后自立为罗马女皇（797年-802年在位），使得罗马教会有理由拒绝承认君士坦丁堡统治者的最高权威。罗马教会宣称，罗马皇帝的名义在希腊人（即拜占廷人）中已经不存在了，因此罗马教皇、所有的主教、法兰克元老元和罗马城的所有长老经过商议，决定把法兰克国王加冕为皇帝，使罗马帝国永远传承下去。

800年，教皇利奥三世将查理大帝加冕为“受上帝委托统治罗马帝国的伟大皇帝奥古斯都陛下”（Karolus Augustus a Deo coronatus magnus Imperator Romanum），神圣罗马帝国诞生（此时尚无“神圣罗马帝国”的国名，至康拉德二世时始称“罗马帝国”，至腓特烈一世时，为了与“神圣罗马教会”的名称相抗衡，方始称“神圣罗马帝国”）。

罗马教会认为，将查理曼加冕为奥古斯都和罗马皇帝，并不是宣告西方基督教世界从此与东罗马帝国分庭抗礼。在他们看来，476年西罗马末帝被废黜，并不标志着西罗马帝国的灭亡，而是标志着罗马帝国的归一，东罗马帝国重新成为单一的、没有分裂的罗马帝国。查理曼加冕为奥古斯都和罗马皇帝，意味着罗马帝国的正统皇统从“新罗马”——君士坦丁堡重新返回罗马城。

但是，因为东罗马帝国的皇统并未就此中断，所以此后基督教世界出现了两个并立的最高统治者，一个在君士坦丁堡，一个在罗马。他们并不像过去的东西罗马帝国皇帝那样和平并立，而是彼此指责对方是僭越者，宣布自己是唯一真正而合法的基督教会和人民的领袖。从这一点来说，利奥三世通过为查理曼大帝加冕，使罗马教会（及其领地）摆脱了臣服于东罗马皇帝的从属地位。从此之后，罗马教皇成为西方基督教世界的最高宗教领袖。

不过，虽然800年的法兰克帝国御玺上写着“罗马帝国的再生”的字样，但是此后由罗马教会所加冕的历代神圣罗马皇帝不再像东罗马皇帝那样是基督教会的主宰，神圣罗马皇帝也不再像东罗马皇帝那样可以插手干预教会事务（甚至废黜罗马主教）。相反，教皇可以干涉世俗事务，通过将皇帝革除教籍的方式插手政务，此外，在罗马教会所拥有的中意大利地区的土地上，教皇也成为不折不扣的世俗君王。

从10世纪起，教皇国的声望因一系列事件而下降。首先，从思齐三世至若望十二世在位时期，罗马城贵族中的几个妇女通过成为教皇情妇而掌握了教廷大权，她们的儿子，以及儿子的儿子，都被立为教皇（比如教皇思齐三世与其情妇玛尔西亚所生的儿子若望十一世和孙子若望十二世）。从903年到963年的这段时期因此被称为“淫妇政治”（Pornocracy）时期。在这段时期里，教皇的政令只能在罗马城周边地区施行。其次，教皇国延续了伦巴底王国的封建体系，在教皇的领地上有许多伯爵和侯爵的封建采邑，他们都是几近独立状态的领主。

到10世纪中叶，日耳曼王奥托一世征服了北意大利的领土。教皇约翰十二世将其加冕为神圣罗马皇帝。作为回报，奥托颁布了“Diploma Ottonianum”（奥托法令），承诺维护教皇国的独立。虽然如此，在此后的两个世纪中，教皇国和神圣罗马帝国仍然时不时地发生摩擦。每当神圣罗马帝国皇帝想将其权力施展到意大利时，就要和教廷及教皇国发生冲突。皇帝对教皇的控制在亨利三世统治时期达到登峰造极的程度。亨利三世于1046年赴意大利，废黜了反对他的教皇额我略六世。德国人克莱孟二世被选为新教皇，并为亨利三世加冕。此后他又多次废立教皇。亨利三世一直掌握了对德意志境内各主教的任免权。

1073年4月21日，亚历山大二世去世，额我略七世被选为教皇。教皇与神圣罗马皇帝之间的冲突，在他与亨利三世的继承人亨利四世之间延续。1076年，格历高里七世革除了亨利四世的教籍，此后发生了有名的卡诺莎之旅。

霍亨斯陶芬王朝绝嗣后，神圣罗马皇帝不再随意插手教廷事务，教皇国与神圣罗马帝国进入相安无事的状态。到14世纪初，教皇国像其他意大利邦国一样，已经成为完全独立的国家。

文艺复兴时期

在文艺复兴时期，特别是亚历山大三世和尤利乌斯二世这二位教皇统治时期，教皇国的领土再度获得大幅扩充，并成为意大利最重要的政治力量之一。但是，教皇对其大多数领地的统治仍是有名无实的，教皇国各个城邦的真正主子仍是当地的王子、贵族。直至16世纪，教皇才得以直接统治教会名义下的所有地区。

从1305年到1378年，教廷迁到了法国西南的阿维尼翁，教皇成为法国国王的政治附庸。尽管如此，位于意大利的教皇国仍然是教皇名下的领地，而且阿维尼翁城及其周围地区也成了教皇国的一部分，直至法国大革命时期才重归法国。

从严格的意义来讲，中世纪和文艺复兴时期的教皇国并不能被视为一个真正的国家，而是若干个各自以教皇为最高领主的封建城邦或小国的松散组合。有些城邦拥有自己的次一级领主，有些城邦（比如罗马）则没有。大体来讲，教皇同这些小邦之间的关系，类似于其他西欧国家中封建国王与自由市之间的关系。由于没有世俗君主与之竞争，教会成为这些城邦的最高权威。

至文艺复兴时期，伦巴底和托斯卡纳地区的众多意大利城市已经脱离其主教和神圣罗马皇帝而独立，成为较强大的城市共和国（比如佛罗伦萨、比萨、锡耶纳、米兰和热那亚），这些国家的市民基础是安分的、勤奋的工匠，在他们之上有一个富裕的、从事商业的中产阶级，制造业和国际贸易使这些共和国积累了大量财富。但是，在教皇国，尤其是在罗马城里，缺乏这样一个富裕的中产阶级。由于长期的荒废，教皇国的核心——罗马所在的坎佩尼亚地区——土地不能得以利用，物产贫瘠；罗马的位置不好，不利于经商；它也没有工业，没有什么可以生产的货物，也没有市民或中产阶级。公民被分为三个等级：军人阶级（包括古代贵族的残余）；僧侣阶级；以及下等阶级（主要是贫穷的平民）。第一个阶级分为若干党派，以几个大家族为其领袖。教皇是后两个阶级的领袖，但也往往是这几个大家族中的一员。直到14世纪，教皇国的内部历史仍是这些党派间彼此斗争、以及贵族阶级与僧侣阶级之间此消彼长的权力斗争的历史。教皇虽然是西欧基督教地区的最高宗教领袖，但是在罗马城中，他不过是某一个得势的大家族的领袖而已。

但是，古罗马共和制的残余在教皇国中仍然存在。1337年，教皇本笃十二世从罗马市民手中接受了元老和大将的头衔，以及共和国执政官的称号。1347年，在一场不流血的革命中，教皇公证员科拉·迪·里恩佐被任命为罗马城的保民官，他实行了一些改革，抑制贵族们的过分行为。