起因

1949年底，中华民国政府播迁台湾，此後事实上从来未对中国大陆地区实行统治权，仅统治台湾省全部与福建省的极小部分（金门县、连江县）。由於台湾省面积高达中华民国实际管辖区的98%以上，因此於1998年，中华民国政府为了解决中央与地方行政区的过度重叠而通过了将省虚级化（精省）的方案，将省政府改为中央政府的派出机关，移除省政府原有的地方自治功能，并在1999年通过《地方制度法》以加强县（市）政府的地位与功能。当时政府宣称这是为了提高行政效率。

结果

1998年，才刚在1994年民选出来的台湾省省长宋楚瑜任满後撤职，恢复官派的省主席，由总统任命。宋楚瑜也成为台湾省第一位也是最後一位的民选省长。

台湾省政府自此以後正式成为了谘询机关（有「政府」之名，而无政府之实），组织被大量精简，功能也大幅萎缩。台湾省议会也改为「台湾省谘议会」，没有实行地方自治或是监督施政的权利。2006年1月24日，行政院院长苏贞昌宣布台湾省主席任满後将不再提名，2006年1月25日由郑培富以台湾省秘书长兼接任台湾省代理主席 2007年12月7日总统令：任命行政院政务委员林锡耀兼任台湾省政府委员并为主席。

另一方面，省立组织从1999年开始亦改制为国立，例如省立高级中学改制国立高级中学、省立医院改制为卫生署立医院等。

不过在精省後，行政院又陆续成立了中部办公室、南部办公室等机关，就编列而言几乎接收所有原台湾省政府的编制，除了少掉省长一职外，实际上并没有明显的精简人事。

精省後的省政府编制

省政府

• 首长：主席（林锡耀）、副主席（二人）、秘书长（现任省秘书长为郑培富）、副秘书长（二人）
• 省府委员：共九人（含正、副主席）
• 行政组室：资料室、秘书室、法规会、人事室、会计室、政风室
• 业务组室：民政组、文教组、经建组、财务组、社会及卫生组、公共事务管理组
• 特殊单位：十二区车辆行车事故监定委员会、诉愿审议委员会

省谘议会

• 谘议长：一人
• 谘议会议员：二十一人至二十九人(含谘议长)
• 业务编组：议事组、研究组
• 行政编组：行政组、人事室、会计室
• 特殊单位：国立台湾议政博物馆筹备处