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佛教

合法宗教场所2333处，可统计的佛教信徒约256万余人 。主要有三大教派：
  • 藏传佛教（喇嘛教）：几乎是藏族全民信仰，在迪庆州等藏区，每个有人居住的地方都有寺院和经幡。云南最有名的藏传佛教寺院是香格里拉县的噶丹松赞林寺（“小布达拉宫”）。
  • 大乘佛教：汉族中有一部分信仰。被列为汉族地区全国重点寺院的有：大理白族自治州宾川县鸡足山祝圣寺、铜瓦殿，以及昆明筇竹寺、圆通寺、华亭寺。

伊斯兰教

回族穆斯林几乎遍布云南全境，共约62万余人，清真寺810处 。每个回族村庄高高耸立的邦克楼是云南醒目的景观之一。在元明清三代，1872年大理杜文秀回民政权被镇压之前，穆斯林在云南总人口中曾经占有很大的比重，并控制了该省商业（马帮）。

基督教

云南省可统计的基督教徒约53万余人，合法宗教场所2050处 。云南省信奉基督教新教的信徒大部分集中在边缘偏僻的山区，以少数民族为主。主要的分布地包括：
  1. 西北部中、缅、印边境的怒江傈僳族自治州，信徒主要是傈僳族，以及怒族、独龙族；
  2. 东北部昭通市、武定县等地，信徒主要是苗族以及彝族；
  3. 西南部中缅边境的德宏傣族景颇族自治州，信徒主要是景颇族；思茅市澜沧县（有着名的糯福教堂），信徒主要是拉祜族和佤族。


基督教新教传入云南始于1881年，由中国内地会的传教士传入大理，次年传入昆明。2004年，昆明重建了中国内地会创立的三一圣堂（今名三一国际礼拜堂）。

历史上，英美传教士对云南一些少数民族的社会文化产生过巨大影响。原有的拜物教和巫术衰落，一夫一妻制取代了群婚制和血缘婚，酗酒、赌博现象消失，创制了10种民族文字（景颇文、苗文、拉祜文、佤文、西傈僳文和东傈僳文等），并创办现代学校。

道教

云南省可统计的道教信徒约24万人，合法宗教场所127处 ，包括大理白族自治州巍山县的巍宝山以及昆明金殿、黑龙潭等。

天主教

云南省可统计的天主教徒约6.6万余人，合法宗教场所58处 。曾经建立昭通、昆明、大理3个主教区和西康教区的云南总铎区（在迪庆藏族自治州，有着名的茨中教堂）。