历史

群雄崛起

4世纪初，西晋因来自北方的游牧民族入侵而覆灭，历史进入五胡十六国时期。此间在中国西北部建立了一个又一个的非汉族政权，包括前凉、前秦、北凉、后凉和西凉。这些政权都试图保持对新疆诸藩的控制。最终鲜卑的北魏重新统一中国北方，控制了今天新疆东南三分之一的地方。诸如疏勒、于阗、龟兹和且末这样的地方政权控制了西部，而中央吐鲁番附近则被北凉的延续高昌所统治。

5世纪末，吐谷浑和柔然开始分别侵入新疆的南部和北部，中原政权对此的控制逐渐丧失。从6世纪开始，突厥在阿尔泰山地区崛起，并在一个世纪之内击败柔然，建立了西至里海东抵贝加尔湖的横亘中亚的突厥帝国。583年突厥分裂为东西二部，新疆属西部。609年，隋朝击败了 吐谷浑，控制了新疆东南部。

唐朝和西辽

640年，唐朝军击败随突厥反唐的高昌王朝，于该地置西州，又于可汗浮图城（今吉木萨尔）设庭州；同年在高昌设安西都护府，后迁至库车，改置为安西大都护府。在620年之后的二十年间，唐朝发动了对突厥的一系列远征，在657年西突厥彻底投降。702年在庭州设置北庭都护府，后又升为北庭大都护府，管理天山北麓及新疆东部地区的军政事务，而安西大都护府管理天山南部和葱岭以西的广大地区。唐玄宗开元年间，曾在两大都护府之上设碛西节度使，是当时全国八大节度使之一。非汉民聚居区，则设置羁縻府州。同时，还在龟兹、-(于)-阗、疏勒、碎叶（一度是焉耆）设军事建制，史称安西四镇。

8世纪中叶安史之乱发生时，吐蕃乘机控制了从新疆南部到云南的广大地区，甚至在763年洗劫了唐朝京城长安。同时，回鹘人控制蒙古和中亚大片地区，包括新疆北部。9世纪中叶，吐蕃和回鹘都衰落下来，这一地区进入混战时期。

五代宋辽金时期，中原王朝无暇顾及西域，西域出现了几个地方政权并列的局面。其中主要有高昌、黑汗王朝和-(于)-阗等地方政权。840年漠北回鹘汗国覆灭高昌与喀喇汗王朝后，由西迁西域的回鹘人汇同其他操突厥语诸族建立地方政权。于阗是古老的塞人居地。唐朝以后，于阗尉迟王族执政，与中原地区往来密切，因曾受过唐朝册封而自称李姓。

黑汗--王朝在10世纪和11世纪控制新疆西部，同一时期回鹘的一支在新疆中部定居。1132年，契丹帝国皇族躲避女真，从中国东北进入新疆，建立流亡政权西辽，统治今新疆一个世纪。

蒙古、元朝、明朝和清朝

1218年，成吉思汗的蒙古帝国征服西辽，建立察合台汗国控制了新疆的大部分地区。忽必烈建立的元朝则控制新疆东部的一部分地区，包括哈密等地。15世纪，察合台汗国分裂成几个小国：固勒扎、叶尔羌和吐鲁番。明朝初年继承了元朝在新疆东部的控制权，於哈密等地区设置卫所；16世纪中叶，吐鲁番部强大，先後攻下哈密等卫所，明朝最後放弃新疆，退回嘉峪关。在17世纪，准噶尔（蒙古的一支）以固勒扎为基地建立庞大的游牧帝国。经过激烈的战争，1697年，清朝击败了准噶尔，控制了新疆东部。1755年，清朝攻占固勒扎；1757年，清朝彻底征服了准噶尔政权。1759年，清朝又平定天山以南伊斯兰教白山派首领大、小和卓反叛，从此确立了清朝对新疆的稳固统治。1762年，清朝在固勒扎设立伊犁将军，统一行使对天山南北各地的军政管辖。

19世纪中叶，俄国威胁清朝的整个北部边境。1864年的塔城条约将新疆西北部巴尔喀什湖以南大片土地割让给俄国，这些土地现在分别属于哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦和塔吉克斯坦。也是在1864年，整个新疆发生叛乱，1865年春，邻国浩罕汗国的阿古柏从喀什进入新疆，统治新疆绝大部分地区达6年。1871年，俄国侵占包括固勒扎城（伊宁市）在内的伊犁河谷，当时清朝在新疆只剩下塔城等少数据点。

1875年，清朝陕甘总督左宗棠就任钦差大臣，督办新疆事务。到1877年底，清军陆续收复了中亚浩罕汗国阿古柏侵占的天山南北诸地，史称「清军收复新疆之战」，并把这片土地命名为「新疆」，取「故土新归」之意。过往，清朝称呼这一带地方作「回部」。1881年，清政府收复被沙俄占领长达11年之久的伊犁地区。1884年设立新疆省，实行与中国本部18省一样的行政制度，由巡抚统管全疆各项军政事务，新疆政治中心由伊犁移至迪化（今乌鲁木齐）。

清朝之后

1911年辛亥革命后清朝被中华民国取代，革命党人湖南人刘先俊等在伊犁策动起义，杀了满人将军志锐，成立伊犂临时军政府。新疆巡抚袁大化电奏清廷保阿克苏道尹杨增新为新疆都督，自己逃离新疆。杨增新在1912年和军政府议和，逐渐取得全疆控制，臣服中华民国大总统袁世凯。革命党人或被杀死，或回到内地。同年在沙俄的怂恿下外蒙古独立，库伦派兵攻打新疆科布多被杨增新派军击败。在杨控制新疆的十六年中，发展生产，新疆人民生活得以改善。

1928年6月，北伐结束，7月1日杨增新自行就任新疆省政府主席兼总司令，7月7日被刺身亡。11月17日省政务厅长金树仁被南京国民政府任命为新疆省政府主席。由于金的独裁统治，新疆起义迭起。1932年西北军阀“尕司令”马仲英派人攻打迪化被新疆督办公署参谋长盛世才击败。同年4月12日在一些不满金树仁的军官利用客居新疆的白俄士兵政变，将盛世才推为领袖。金树仁取道苏联逃往天津。

盛世才前期依靠苏联支持巩固政权，还邀请中共陈潭秋、毛泽民、林基路等人到新疆工作。后期和中共决裂，1943年在新疆杀死了共产党人。在整个抗战期间，新疆相对独立，是抗战的大后方。盛世才还派军支持了绥远抗战等战役。

1944年，在苏联支持下，新疆爆发了反对国民党统治的“三区革命”(“三区”是指当时新疆的伊犁、塔城和阿勒泰三个地区)。并再度打出“东突厥斯坦独立运动”的旗号。1944年9月，蒋介石将盛世才调到南京，派吴忠信任新疆省长，并命令马步芳派一个军的骑兵驻扎在新疆各地，对东突厥斯坦独立运动的活动进行镇压。

1949年，国共内战末期，在彭德怀的人民解放军第一野战军8月26日占领兰州继而占领甘肃全境之后，新疆的国民革命军军政长官陶峙岳、包尔汉等宣布脱离广州的临时国民政府起义。期间已经投向共产党一边的张治中在中斡旋，而中共方面的谈判代表是邓力群。9月25日第一野战军第一兵团在王震将军率领下进驻乌鲁木齐，新疆成为中华人民共和国的省，1955年改为自治区.