前期的消极政策
1683年，
清朝政府派
郑成功前部下
施琅率领清军，终於击溃了
郑克塽，「台湾有史以来首次正式被收编为中国的一部分」(周明峰 1994，43)。
郑克塽降清以後，
康熙皇帝对台湾弃守问题询问朝中官员，而朝中官员对於台湾是否收入版图，分成两派。反对收入版图的官员认为台湾远在海外，人口稀少，防守不易，不如放弃台湾，只保留
澎湖，做为东南诸省的军事屏障，把台湾岛上的移民全部迁回大陆。赞成收入版图官员中以征台功臣
施琅的意见最为有力，认为台湾土地肥沃，从战略的角度来看，可以担负起防卫东南各省得战略位置，即使需耗用国家经费，也应保住台湾。
1684年，
康熙皇帝在统整思考两派意见後，接受
施琅等赞成派官员意见，决定将台湾纳入版图。(见清圣祖仁宗皇帝实录二十二、二十三年；
施琅：
恭陈台湾弃留疏)
1684年4月（
康熙年间），台湾（时为台湾府）正式纳入中国版图，隶属
福建省，下设
台湾县、
凤山县、与
诸罗县三个县；後来应汉人拓垦范围扩张又於
雍正年间（18世纪初）增设
彰化县、
淡水厅，并将原隶属台湾府之澎湖改设为
澎湖厅；到
嘉庆年间，
宜兰地区开垦之和人已达数万之多，应居民要求故又增设
噶玛兰厅。但大体上，清廷的治台政策，主要仍是依循内地的统治情况，尽量以较低的成本来经营建设，并且视情况先鼓励人民开垦，其後再由官方在随後设治行政单位，或是依据军事的需求来调整。此种策略一直到
1874年日军在
牡丹社事件中犯台之後，才有所改变。一方面，清朝在台驻军皆由大陆调派，每三年调动一次，以防军队造反。另一方面，清朝政府在统治之初，先是将十几万在荷郑时期就已居住在台湾的居民强制遣返大陆原籍，又对大陆人民移民台湾严格限制，禁止携带家眷，故渡台者多半为单身男子，或是已有家眷，但受限制无法携带妻子来台的已婚男子。因此，早期渡台男子者多半选择与
平埔族女子通婚，因此而有所谓「
有唐山公、无唐山妈」的说法。
当时台湾开发为时不多，所以平埔族的熟番（当时称台湾原住民为番，带有歧视语气）虽已被汉化，但山中毕竟尚有许多未汉化的高山族（当时称生番），而汉人也经常侵占其土地，或做黑心交易，因此常有汉番冲突产生。当时清廷委实不愿多管，索性采「画界封山」政策，划定番界，并设石碑於界线，将汉人以及原住民隔离，同时也设「理番同知」一官调节其纷争。但应政策不落实，且理番同知皆为汉人，原住民容易就吃亏。所以原住民土地常被明争暗夺，有时汉人甚至以通婚之名占据土地，多人仍越过番界来耕种、经商，冲突仍十分频繁。
在国际压力下後期的积极治理
清朝与英国的
鸦片战争期间，自一八四一年九月起英国舰队数度出现台湾外海，试图占领北部
基隆港与西海岸中部梧栖港，但都归於失败。那是
帝国主义列强对台湾第一次野心的行动。接着於一八五四年七月，刚与日本缔结亲善条约由培理率领的美国东洋舰队在基隆港停泊约十日期间，借口搜寻失踪水兵，登陆勘查基隆煤矿。培理返国後，提出报告力陈台湾适合作为美国的远东贸易中继站，台湾有如围绕
佛罗里达半岛和
犹加敦半岛、制御墨西哥湾的
古巴，主张加以占领。占领台湾的主张虽未实现，但培理的报告广受欧洲列强的注目，急激地提高对台湾的关心。
此後，於一八五六年十月在广州发生
亚罗号事件，为处理善後，於一八五八年六月缔结天津条约。依据天津条约，清国政府将台湾的
淡水 ﹝
1862年﹞、
基隆﹝
1863年﹞
安平、
打狗﹝今日之
高雄﹞均於
1864年陆续开放，并且允许宣教士来台传播
基督教。
开港同时，欧美各国商人开始进出通商港口，传教师也陆续来台，并与居民频频发生摩擦与纠纷。自处理
1868年英国商人因收集樟脑发生的纠纷以後，清国官宪在英国舰炮威胁之下，都以忍辱委屈求全的方式解决。那时所缔结协定的概要是：
- 废止樟脑官营，容许外国人及其雇员自由买卖，
- 准许外国商人在台湾旅行，
- 赔偿过去教会的损失，禁止居民对基督教诽谤，
- 宣教师有权在台湾各地居住与传教，
- 本地人与外国人的纠纷，应由清国官宪与英国领事共同裁判等等。
虽然这是与英国的协定，但也适用於其他列强国家。这样一来，各国与清廷所缔结的不平等条约，也一并适用於台湾了。自此台湾经济成为世界经济的一环，由北部淡水及基隆输出茶与樟脑，由南部安平及高雄输出砂糖，输入即以鸦片与杂货为主。
荷兰统治时代，虽然在台湾南部有基督教、北部也有
西班牙引进来的
天主教传教活动，但在郑氏政权交替时几乎断绝。鸦片战争後的一八五九年，
菲律宾的圣多米尼哥教会派遣神父来台，两年後重新开始天主教的传教活动。开港後的一八六五年英国长老教会以南部为中心，又一八七二年加拿大长老教会以北部为中心，开始传布基督教。十九世纪後半重新开始的天主教及基督教传教活动，经过一个世纪到今天仍然继续着，信徒人数虽不能与来自中国的
佛教或
道教相比，但为台湾社会带来多元性的文化，并给予很大影响。
日本於明治维新後，为处理琉球问题焦心苦虑，又对台湾大动食指。适於一八七一年，发生琉球宫古岛的居民六十六名漂流至南台湾、其中五十四名被牡丹社的原住民杀害、剩下十二名脱险返国的「
牡丹社事件」。日本政府利用此事件，企图一举获得日本领有琉球的承认，并将势力扩及台湾。翌一八七二年，日本政府设领事进驻福州探窥台湾情形，并暗地里派遣陆军少校桦山资纪与在清国留学的水野遵到台湾，做实地调查。与此同时，以破例年薪一万二千圆将美国前驻厦门领事、精通台湾事务的
李仙得 (C.W. LeGendre) 聘为外交部顾问，进行向台湾出兵的准备。对李仙得甚至答应将来任命他为台湾总督。
李仙得一八六七年於
厦门领事任内，与台湾南部的原住民酋长
卓杞笃之间缔结有关救助海难的条约。当时在台湾南部海上，美国船之外有多数外国船遇难，遭难者被原住民杀害的事件频频发生，但清国政府借口原住民与其所居住区域为「化外之民、化外之地」而推诿责任，所以李仙得经过美国政府认可，直接与卓杞笃缔结条约。这情形犹如台湾有两个政府的存在。
一方面进行侵台准备，外交部长副岛种臣於一八七三年三月赴北京交换「日清修好条规」批准书时，为牡丹社事件向清国政府提出交涉。清国政府以台湾居民系「化外之民」，该地区属於「教化未及之地」为由，回避牡丹社事件的责任。清国政府的态度，与李仙得缔结有关救助海难条约时的情形如出一彻。受此回应，日本政府即於翌一八七四年四月，任命陆军中将
西乡从道为台湾蕃地事务都督、
大隈重信为台湾蕃地事务局长、李仙得为事务局二等官，做为出兵台湾的首脑阵容。由西乡率领日军，同年五月十七日由长崎出发，二十二日在台湾南部的恒春附近登陆。虽然受到风土病与原住民游击式反抗所困扰，仍於六月成功地占领「蕃地」。
西乡等占领台湾南部期间，日本政府派遣大久保利通为全权大使，由李仙得陪伴前往清国，重覆交涉的结果，於同年十月三十一日缔结「北京专约」，清国付日本五十万两，而日本则答应由台湾撤兵。虽然有关琉球的归属未有明确规定，清国政府却承认日本出兵台湾是保护国民的 「义举」，并且同意支付受害者遗族慰问金十万两，踪然未实现局部占领台湾的目的，但间接地获得清国政府对
琉球属日的承认。
日本出兵台湾，对清廷以往消极的台湾经营成为一种警讯。清廷在日军到达台湾後的一八七四年五月二十七日，迅速任命
沈葆桢为「钦差兼办理台湾海防事务大臣」并派遣来台。沈葆桢由船舰兵员随伴，於同年六月十七日到达台湾，显着地强化台湾的防卫力量。不过，沈葆桢的任务非要与日本一战，而是要革新台湾行政、以积极政策使台湾发展。 沈葆桢到任不足一年，被提升为两江总督兼通商大臣而离开台湾，以致其改革构想未完全实现，但由其继任者、福建巡抚
丁日昌继承下来。丁日昌和沈葆桢一样，也是属於清末改革运动、「
洋务运动」的推行者。其施政计划，包括把沈葆桢的政策推进更上一层外，为强化台湾内部以及与中国的连系，敷设通信用电线，以及在基隆至恒春之间建设纵贯铁路等。但是，丁日昌的任期也很短，在任中所实现的主要业绩，只有台南与高雄间及台南与安平间、合计九十五公里的通信用电线敷设而已。
鸦片战争之後，列强对狼狈不堪的清国的领土及属地虎视眈眈、伺机染指。日本出兵以後，直接以武力攻台的是
法国。法国为着清国的属地越南发生清法战争於一八八四年四月，派舰队强行进入基隆港，除测量港湾外，并强制购买煤炭。同年八月，又登陆基隆将炮台加以破坏，并在市街游行威吓後撤退。其後，又於九月攻击基隆及淡水、十一月至翌一八八五年二月期间反覆地攻击基隆周围。法军一时也曾占领，但是结果未能完全占据台湾北部，於是将目标转向防卫较弱的澎湖岛，一八八五年三月底占领澎湖。及至四月中旬，以越南成为法国的保护国为前提，成立清法两国停战协定，解除对台湾海上的封锁并由澎湖岛撤兵。这次法国对台湾的军事行动，更使清国政府认识台湾的重要性，为加速实现沈葆桢以来积极经营台湾的政策，派遣「洋务」改革运动家刘铭传来台。
在
清法战争中，清国政府於一八八四年六月授与前直隶陆路提督
刘铭传巡抚头衔，使其负责台湾的行政与军务。同年七月，刘铭传到达台湾，因监於北部遭受法军攻击的情势，亲自驻守台北。刘铭传的该行动，与清国官吏常见的消极做事态度有天渊之别。刘铭传就任管辖台湾及福建的福建巡抚时，向朝廷建议台湾与福建分离被采纳，一八八五年十月台湾成为独立「省」，刘被委任为第一代台湾巡抚。台湾省成立後，立即修改行政区划：台湾省之下，设台东直隶州与管辖淡水县、新竹县、宜兰县、基隆厅、及南雅厅的台北府，管辖彰化县、云林县、苗粟县及埔里社厅的台湾府，管辖安平县、凤山县、恒春县及澎湖县的台南府等三府十一县三厅一直隶州。同时基於台北地主之利益，迁都台北。此时重编之行政区域，成为後来日本以及国民党政权统治时代的基础。刘铭传创设直属台湾省的三十几个机构，又把原来的机构加以改组。其中比较重要的有徵收税租的税厘总局、负责樟脑专卖的脑务总局、徵收茶税的茶厘总局、负责食盐生产与徵税的盐务总局、推行煤炭采掘的煤务局、促进海上运输与管理的轮船局、推行开拓与开垦的
抚垦局、负责公众卫生与疾病治疗的官医局等等。几乎所有这些机构，虽然名称有所改变，都被日本统治时代的台湾总督府继承下来。
刘铭传的改革，系以居民自己负担为原则，可说是一种「就地取材主义」，一面创设新兴事业，同时整顿税收并且开发新税源。也即在刘铭传独自计算之下，采取积极的台湾经营目标。当时台湾的财政主要依靠地租，刘铭传毅然采取划时代清赋措施，向朝廷上奏「三至五年之後，将以台湾之财收自给自足」云。刘铭传於一八八六年四月，设清赋总局於台北，三个月内完成居民的人口调查，并进行兼具治安目的的「
保甲」编制。保甲制度即是，以「甲」为单位，将居民置於连座制之下加以管理，以十户为一甲、十甲为一保，甲有甲长、保即设保正。人口调查完成後，随即着手土地的调查，确定土地及田的所有者，摘发漏税的「隐田」，并确定其所有权人。这样一来，地租收入一举由不到五十万两增至六七?五万两。虽然清赋事业做得不够彻底，但是所做的台湾人口调查与土地调查，以及把复杂的土地所有状况明朗化，不仅成为日治时代的人口调查及土地调查的基础，而且有助於台湾的资本主义化，其意义非常之大。
铁路事业方面，当初虽然计划从基隆至台南敷设纵贯铁路，但因为资金不足及刘铭传离职，故仅敷设基隆到台北约三十二公里，後来一八九三年二月又完成到新竹约六十七公里。至此，清国统治时代所建设的狭轨铁路，由基隆至新竹总共达约一百公里。
一部分为了
中国国内的政争原因，刘铭传於
1891年6月，诿病辞职，失意中离去
台湾。继任的
台湾巡抚邵友濂，基於地方财政问题，因而未能承继刘铭传之改革事业，其改革事业遂中途而废。然其澄清台湾吏治，对台湾亦有其功。而後，於
1894年12月
邵友濂离职，代之由
唐景崧就任台湾
巡抚。时已正在日清
甲午战争中矣。
台湾建省还不到十年，由於
中日甲午战争（1894-1895）的失败，清廷被迫签订
马关条约，将台湾和
澎湖之主权让给了勃兴中的
日本。
频繁的反抗事件
在清朝治台的212年中间，造反事件层出不穷，正如日本学者
伊能嘉矩其名着《
台湾文化志》中所表示的，清朝两百余年的统治，实际上就是「对移民叛乱的镇压和漫无计划的绥抚工作的历史」(引自
王育德 1979，80)。在这段期间，百姓暴动频起，总计发生了百余次造反事件，其中算的上是大乱的有三、四十起，莫怪乎俗谚称台湾「三年一小反，五年一大乱」。在这些武装起义或骚扰事件当中，
1721年的
朱一贵事件（国号永和）、
1786年的
林爽文事件、以及
1862年的
戴潮春事件，被称为清朝统治下台湾的三大「叛乱案」。
一般学者都同意，发生这些叛乱的主因，不外乎清廷从大陆派来的官吏素质粗劣、官民间语言的隔阂、以及清廷对台湾住民的高压政策等（e.g.,
黄昭堂 1993，7﹔
张德水 1992，46）；另外，还有台湾
男女比例悬殊之说。然而，如果我们论及这些动乱和台湾意识之发展的关系的话，虽然
史明（1980，200）宣称这些动乱「在实质上，已经非常合乎近代殖民地解放的革命理念」，但是，多数学者似乎并不尽同意这样的看法。比如说，黄昭堂（氏着，1996，86）就这样认为︰
笔者并不认为在十七、八世纪时，台湾住民之间已经有了作为『台湾人』的共同意识。清国统治下的台湾汉族系住民称大陆为『唐山』，称大陆人为『唐山人』﹔但是，和这个称呼相对应且通用於一般住民间的台湾住民之总称却付之阙如。
类似的看法，也可以见之於
江宽政(1999，294)﹔
Mendel(1970, 14-5)﹔
Meisner(1964, 148)﹔以及
Ong(1964, 163)。