英属东印度公司时期

1824年，荷兰为了获得整个苏门答腊岛的统治权，与英国签订了1824年英荷条约。在条约中，荷兰将马来半岛上的马六甲割与英国，以换取英国放弃苏门答腊上的明古连地区。

而英属东印度公司，在1826年决定整合在马来亚的三个港口属地，新加坡，槟城和马六甲组成海峡殖民地。首府初时设於槟城，1832年迁往新加坡。

英殖民地部直辖时期

1867年4月1日，英伦政府殖民地部正式接管海峡殖民地，并将其划入英国皇家殖民地（Crown Colony）之列，总督驻守於新加坡。与此同时，印度洋上的圣诞岛和科科斯群岛划归海峡殖民地管辖。

在此同时，海峡殖民地总督兼任英国驻马来亚和汶莱这两个英保护国的高级专员。

1906年10月30日，北婆罗洲沙巴的纳闽港也划归海峡殖民地。

在二次大战期间，海峡殖民地，除了科科斯群岛外，都被日军占领。而科科斯群岛则划归锡兰代管。

二战过後，海峡殖民地各个港口重归英国统治。在战後初期，英国对各港口施行军法统治。

殖民地的解散

1946年4月1日，英国宣布解散海峡殖民地，新加坡成为独立的一个英国皇家殖民地，并管辖科科斯群岛和圣诞岛，直至两岛分别於1955年和1957年划归澳大利亚。而槟城与马六甲便和马来亚联盟的九个州合组为马来亚联合邦。而纳闽则於同年7月15日划归英属北婆罗洲，成为後来马来西亚沙巴州的一部分。