积极运用议员所有职能

立法会以往常被市民批评为橡皮图章，只会通过公务员加薪等法案，而在吴国昌当选後积极运用议程前发言以及质询及针对政府的职能。自2001年前，吴国昌在议程前发言与及质询的数字常在全部数字的八成以上。

九不识

澳门政权移交前，葡萄牙政府要求澳葡政府负担历任澳门总督及布务司司长等司长的返回原职津贴和月津贴。吴国昌立即向立法局提出议案，反对由澳葡政府支付历任总督及布务司的所有津贴。结果葡萄牙政府不要求澳门支付这些津贴，并把澳葡政府已匆匆付出的款项退回至澳门的库房。

1997年（澳门政权移交前两年），澳葡政府从公务员退休金拨走大量款项，议员吴国昌和市政议员区锦新致函欧盟委员会，质疑葡萄牙政府因财政紧绌而强行调动澳门公务员退休金款项，以当作葡萄牙政府收入来满足《马城条约》对欧元参与国的基本财政要求。及至1998年11月，华年达、欧安利、戴明扬、欧若坚、飞文基、潘志辉、施绮莲、罗立文八名议员联名谴责，大骂吴国昌不识政治、不识法律、不识经济、不识财政、不识会计、不识行政、不识外交、不识数学、不识文化的「九不识」。其後，当时的澳门市政厅厅长麦健智在市政议会责备区锦新。结果，1999年欧盟委员会正式覆函，证明经调查後，投诉属实，而澳葡政府亦停止从澳门公务员退休金拨走款项。

争取免费教育

澳门政权移交前十年起，澳葡政府运用建造中葡友好建筑物，以三千多万澳门元兴建融和门（今已因外墙剥落而封闭），吴国昌因此常批击澳葡政府浪费公帑而不肯把资源投放於教育。1992年，吴国昌动议落实免费教育，决议以4:7被否决，当时身为立法会副主席何厚铧说：「我良心上很支持你，但我却不能按良心投票。」澳门政权移交後，吴国昌与区锦新多次争取高中免费教育，2005年更发起「一匹布签名运动」；至2007年学年，澳门特区政府全面实施高中免费教育。

抗衡官商勾结

澳门政权移交後，澳门特区政府时常以低廉价格将土地批与商人，而当中不少商人与行政长官何厚铧有紧密关系。吴国昌与区锦新直指这种是出卖国家与出卖澳门的官商勾结和利益输送，连串向特区政府炮轰，且不断在其学社出版的刊物《新澳门》公开揭示此一事实，甚至上书中央。欧文龙贪污案揭发後，进一步证明二人所言属实。

民主政制

身为澳门民主派议员，其对民主建设也非常关注，就双普选、区议会设立等问题常与特区政府争议。