三域系统是由Carl Woese在1990年提出的生物分类﹐将原核生物分成了两大类﹐起初称为真细菌(Eubacteria)和古细菌(Archaebacteria)。Woese依据16S rRNA序列上的差别﹐认为这两类生物和真核生物一起从一个具有原始遗传机制的共同祖先分别进化而来﹐因此将三者各置为一“域”(Domain)﹐作为比界高的分类系统，并分别命名为细菌域(Bacteria)﹑古菌域(Archaea)和真核域(Eukarya)。

然而﹐rRNA树有可能将进化太快的类群放错位置(比如微孢子虫)。有人认为生物的根应该在真细菌之内﹐很多真细菌的类群在古细菌之前分支出来﹐很晚古细菌和真核生物才彼此分开。

三域特徵比较

特徵细菌
Bacteria		古菌
Archaea		真核生物
Eukarya
形态和遗'
原核细胞结构是是否
共价闭合环状DNA是是否
组蛋白无有有
被膜包围的核无无有
细胞壁含胞壁酸不含胞壁酸不含胞壁酸
膜脂质酯键连接醚键连接酯键连接
核糖体大小70S70S80S
起始tRNA甲酰蛋氨酸蛋氨酸蛋氨酸
多数基因中有内含子否否是
操纵子有有无
mRNA加帽和聚A尾无无有
质粒有有稀少
核糖体对白喉毒素敏感否是是
RNA聚合酶1个（4亚基）几个（各8~12亚基）3个（各12~14亚基）
需要转录因子否是是
啓动子结构-10和-35序列（Pribnow框）TATA框TATA框
对氯霉素、链霉素和卡那霉素敏感是否否
生'
产甲烷作用无有无
还原S或SO42-到H2S，或Fe3+到Fe2+有有无
硝化有无无
脱氮有有无
固氮有有无
基於叶绿素的光合作用有无有（在叶绿体中）
基於视紫红质的能量代谢有有无
化能营养（Fe, S, H2）有有无
气泡有有无
聚-β-羟基脂肪酸作爲碳储存颗粒有有无
在80℃以上生长有有无

参见

系统发生树, 生物分类

参考文献

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